Abhängig Beschäftigten wird im Normalfall monatlich zuviel abgezogen, da man entweder keine Pauschbeträge eintragen lässt oder unplanmässige Absetzungen hat.
Wenn jemand (regelmäßig) hohe Nachzahlungen hat, dann weist ihn das üblicherweise als Selbständigen aus, der mit dem Finanzamt entsprechend niedrige Vorauszahlungen vereinbart hat. Ist also meist kein Grund zur Klage, sondern ein zinsloses Darlehen der Finanzkasse. Was jedoch bei den derzeitigen Zinsen am Kapitalmarkt keinen wesentlichen Ertrag abwirft, so man diesen Betrag konservativ und risikoarm anlegt.
Es gibt natürlich auch Mischformen, da kommt es dann aufs Verhältnis an.
Wenn Du also immer nachzahlst, hast Du entweder entsprechend (zu) hohe Pauschbeträge oder Du bist zu einem signifikanten Anteil Selbständiger ;-)